Během průzkumu Sokotry můžete díky velkému množství vápence objevit také mnoho jeskyní.

Většina jeskynních systémů se skládá z menších převisů a tunelů, ale některé jeskyně vás překvapí svou velikostí. jednou z nich je největší jeskyně Hoq (Al-Hoq), která je dlouhá 3 kilometry.

Nachází se v propasti v severovýchodní části Sokotry. Velká žulová stěna se tyčí nad břehy ostrova.

Výstup trvá přibližně 2 hodiny a sám o sobě je velkým dobrodružstvím. Cestou můžete pozorovat různé druhy sukulentů a dalších rostlin, které vám připomenou dávno ztracené časy. Odměnou za dvouhodinový výstup je nádherný výhled na azurové moře.

Uvnitř jeskyně nejsou žádná světla, chodníky ani zábradlí. Uvnitř je tma a zima, protože jeskyně je dosud nedotčená lidskou rukou. Je tedy nutné vzít si s sebou vlastní světlo.  Průzkum Vepře je dalším úžasným zážitkem a jeskyně rozhodně stojí za návštěvu.

Vápencové útvary v jeskyni jsou úchvatné a nedávné archeologické nálezy naznačují, že jeskyně hrála v historii ostrova zásadní roli. Hlavní tunel je velmi dlouhý a na začátku poměrně vysoký. Výrazným útvarem je stalagmit, který se tyčí nad jezerem na (údajném) konci jeskyně.

Další jeskyně, Dagub, se nachází na jižním pobřeží, za dunami Hayf a Zahaq. K této jeskyni se lze snadno dostat autem. U vchodu najdete nejcennější tekutinu jižní části ostrova - čistou vodu. Díky přítomnosti vody je jeskyně domovem mnoha různých živočichů, zejména netopýrů a vrápenců.